Vào ngày 1 tháng 1 năm 1959, chính phủ Cuba rơi vào tay các nhà cách mạng cộng sản, đẩy Fidel Castro lên nắm quyền. Liên Xô đã ủng hộ và ca ngợi Fidelidel và cuộc kháng chiến của ông, và chính phủ mới được chính phủ Liên Xô công nhận vào ngày 10 tháng 1. Khi Hoa Kỳ bắt đầu tẩy chay đường mía Cuba, Liên Xô bắt đầu mua nó số lượng lớn để hỗ trợ nền kinh tế Cuba để đổi lấy nhiên liệu và cuối cùng đặt tên lửa đạn đạo hạt nhân trên đất Cuba. Những tên lửa này sẽ có khả năng bay đến Hoa Kỳ rất nhanh. Vào ngày 14 tháng 10 năm 1962, một máy bay do thám Mỹ đã phát hiện ra những địa điểm chứa tên lửa hạt nhân này đang được xây dựng ở Cuba.[27]

Tổng thống Kennedy ngay lập tức tổ chức một loạt các cuộc họp cho một nhóm nhỏ các quan chức cấp cao để tranh luận về cuộc khủng hoảng. Nhóm được phân chia giữa một giải pháp quân sự và một giải pháp ngoại giao. Tổng thống Kennedy đã ra lệnh phong tỏa hải quân quanh Cuba và tất cả các lực lượng quân sự để DEFCON 3. Khi căng thẳng gia tăng, cuối cùng Kennedy đã ra lệnh cho lực lượng quân đội Mỹ tới DEFCON 2. Đây là lần gần nhất thế giới xảy ra chiến tranh hạt nhân. Trong khi quân đội Hoa Kỳ đã được lệnh tới DEFCON 2, thì việc tiến hành chiến tranh hạt nhân vẫn còn là một cách. Lý thuyết về sự hủy diệt được đảm bảo lẫn nhau dường như đặt sự tham gia vào chiến tranh hạt nhân là một khả năng không thể xảy ra. Trong khi công chúng nhận thấy Khủng hoảng tên lửa Cuba là thời điểm gần đến việc tàn phá hàng loạt, các nhà lãnh đạo của Hoa Kỳ và Liên Xô làm việc đằng sau tầm nhìn của công chúng để đưa ra kết luận hòa bình. Thủ tướng Khrushchev viết cho Tổng thống Kennedy trong một bức điện tín vào ngày 26 tháng 10 năm 1962 nói rằng: "Nếu không có ý định thắt chặt nút thắt đó và do đó sẽ làm cho thế giới phải chịu thảm họa của chiến tranh nhiệt hạch, thì chúng ta không chỉ thư giãn các lực kéo hai đầu của sợi dây, chúng ta hãy có biện pháp tháo gỡ nút thắt đó. " [28] Rõ ràng là cả hai người đều muốn tránh chiến tranh hạt nhân do sự hủy diệt lẫn nhau không thể tránh khỏi dẫn đến câu hỏi thế giới đã ở sát đến mức nào bên bờ vực của một cuộc chiến tranh hạt nhân.

Cuối cùng, vào ngày 28 tháng 10, qua nhiều cuộc thảo luận giữa các quan chức Hoa Kỳ và Liên Xô, Khrushchev tuyên bố rằng Liên Xô sẽ rút tất cả tên lửa khỏi Cuba. Ngay sau đó, Mỹ đã rút tất cả tên lửa hạt nhân khỏi Thổ Nhĩ Kỳ trong bí mật, vốn đe dọa Liên Xô. Việc Mỹ rút tên lửa Jupiter của họ khỏi Thổ Nhĩ Kỳ đã được giữ kín trong nhiều thập kỷ sau đó, khiến các cuộc đàm phán giữa hai quốc gia này thể hiện ra với thế giới như một chiến thắng lớn của Mỹ. Điều này cuối cùng đã dẫn đến sự mất chức của Thủ tướng Khrushchev.